Indonezija je spregledano rojstno mesto profesionalne paleoantropologije. V Evropi so sredi 19. stoletja znanstveniki prvič odkrili izumrle vrste hominidov: neandertalce. Pravzaprav je natančneje reči, da so neandertalske fosile našli laiki, ki so jih nato opozorili na znane anatomiste. Šele leta 1890 je raziskovalec šel na polje in iskal hominidne kosti. Eugene Dubois, nizozemski zdravnik, je v iskanju človeških prednikov potoval v Indonezijo, nato nizozemsko kolonijo. Leta 1891 je odkril fosile Homo erectus in si lovil hominid pravilno prizadevanje - in Azijo je postal destinacija za paleoantropologe.
Trinil: Duboisova odkritja so se zgodila v bližini vasi Trinil na osrednji Javi. Njegova prva najdba je bila lobanjska kapica, za katero je danes znano, da je bila stara od 700.000 do milijon let. Lobanja je bila videti človeško podobna, vendar je imela debele kosti, težke obrve in nizko poševno čelo. Leto pozneje, leta 1892, je Dubois obnovil skoraj popolno stegensko kost, ki je bila videti skoraj sodobno. Odločil se je, da kosti pripadajo izumrli vrsti, ki je bila "manjkajoča vez" med opicami in ljudmi. Poimenoval je vrsto Pithecanthropus erectus ("moški pokončne opice"). Včasih se imenuje Java Man, vrste pa danes imenujejo Homo erectus .
Ngandong: Nizozemski raziskovalci so v Javi v tridesetih letih prejšnjega stoletja v bližini vasi Ngandong na reki Solo Java odkrili več fosilov H. erectus, ki predstavljajo 15 posameznikov. Do nedavnega so paleoantropologi menili, da kosti Ngandong predstavljajo zelo nedavno populacijo H. erectus . Ti hominidi so bili morda stari vsaj 30.000 do 50.000 let, vendar so bili lahko sodobniki neandertalcev in sodobnih ljudi, ki živijo v Evropi in zahodni Aziji. Toda novejše analize terenskih del in sestankov kažejo, da so hominidi Ngandong živeli veliko prej, nekje med 143.000 in 546.000 leti.
Mojokerto: Leta 1936 je asistent pri nizozemskem geološkem zavodu na vzhodni Javi odkril delno lobanjo dve do triletnega otroka. Član ekipe Ralph von Koenigswald, nemški paleontolog, je lobanjo priznal kot pripadnost zgodnjemu hominidu, H. erectus . Čeprav se v zadnjih letih natančno nahaja fosil in njegova starost postavljajo pod vprašaj, znanstveniki na splošno mislijo, da lobanja Mojokerto sega približno 1, 8 milijona let. Zaradi tega je ena najstarejših kosti hominida, ki so jih kdaj našli zunaj Afrike.
Sangiran: Med letoma 1937 in 1941 je von Koenigswald na najdišču Sangirana v osrednji Javi našel dodatne fosile H. erectus . Najdbe so vsebovale tri delne lobanje, delne čeljusti in desetine izoliranih zob. Ti fosili izpred več kot milijon let so pripomogli k potrditvi veljavnosti statusa vrste H. erectus . Danes lahko turisti obiščejo fosilno najdišče, kjer domujejo stalna izkopavanja, pa tudi muzej.
Flores: Najnovejše odkritje hominidov v Indoneziji je povzročilo velik šok. Leta 2004 je skupina raziskovalcev iz Indonezije in Avstralije sporočila, da so na indonezijskem otoku Flores našli nenavadno zbirko fosilov. Kosti so pripadale hominidu z majhnim možganom, ki je stal manj kot štiri metre in je tehtal manj kot 70 kilogramov - vendar so bili nekateri fosili stari le 17.000 let. Raziskovalci so se odločili, da hobit pripada novi vrsti, Homo floresiensis . Ko je prednik vrste, morda H. erectus, prispel na otok, se je hominid razvil kot manjši kot prilagoditev življenju na majhnem otoku. Kritiki pa trdijo, da je Hobit pravzaprav sodoben človek z nekakšno rastno motnjo.
