Potem ko je novembra 1805 dosegel Tihi ocean, je korpus ustanovil Fort Clatsop v bližini današnje Astorije v Oregonu kot svojo zimsko četrt. Nato so se 23. marca 1806 utrujeni raziskovalci odpravili proti domu in St. Louisu. Svoje konje so prišli od Indijancev Nez Percéja in prečkali gore Bitterroot. Odprava se je ločila na dve strani v bližini današnjega Lola v Idahu, da bi podrobneje raziskali državo na povratnem potovanju; skupine bi bile narazen več kot en mesec. V tem času so Lewisovo družbo napadli bojevniki Blackfoota, od katerih sta bila dva ubita v bojih, ekspedicija je bila samo prelivanje krvi. Kmalu zatem je napol slepi zasebni Pierre Cruzatte napačno sprejel Lewisa za lok in ga ustrelil v stegno. Ko se je Lewis ponovno združil s Clarkom, je bila njegova noga skoraj pokrčena. Dosežejo St. Louis 23. septembra 1806, Clark je opozoril: "Srečala nas je vsa vas in prejela je hud pozdrav." Potovanja trupla na 8000 kilometrov je bilo konec.
Sgt. John Ordway
Narednik Ordway, eden od prvotnih članov korpusa, je pomagal organizirati prvi zimski tabor v bližini St. Tako kot drugi naredniki je tudi Ordway vodil dnevnik, vendar je edini beležil dnevni vnos. 21. septembra 1806, ko je trup dosegel St. Charles (v današnji Missouri), je Ordway zapisal: "Proti večeru smo prišli v St. Charles izstrelili tri kroge in kampirali na spodnjem koncu mesta. Mesto se je zbralo na bregu in težko verjamem, da smo bili mi, ker so slišali in verjeli, da smo vsi mrtvi in pozabljeni. "
Tega padca je Ordway v Washingtonu spremljal tudi Lewisa in delegacijo Indijancev Mandana in Osagea, da bi razpravljali o prihodnji ameriški trgovini s temi plemeni. Pozneje je svoj časopis prodal Lewisu in Clarku za 300 dolarjev, preselil pa se je na ozemlje Missouri, kjer se je poročil in začel kmetovati zemljišča v bližini New Madrida. Decembra 1811 so območje prizadeli trije veliki potresi; umrlo je med 500 in 1.000 ljudi. V času petega potresa, 7. februarja 1812, je komaj ostala hiša in New Madrid je postal mesto duhov. O Ordwayu je po tem malo znanega; znanstveniki ugibajo, da bi bila njegova kmetijska zemljišča zaradi potresov neuporabna in da je umrl v revščini.
Kapitan Meriwether Lewis
23. septembra 1806 je Lewis pisal predsedniku Jeffersonu: "Z veseljem vam sporočam varen prihod sebe in zabave .... V skladu z vašimi ukazi smo celinsko Severno Ameriko preusmerili na Tihi ocean in dovolj dobro raziskali notranjost države, da smo z zaupanjem potrdili, da smo s krmnima vejama rek Missouri in Columbia odkrili najbolj izvedljivo pot, kateri odmerek obstaja na celini. "
Tako Lewis kot Clark sta bila za svoje storitve velikodušno nagrajena, vsak pa je prejel velike parcele zemlje in dvojno plačilo. Predsednik Jefferson je marca 1807 imenoval Lewisa za guvernerja Zgornje Luizijane; neizprosno je Lewis počakal eno leto, preden je odšel v St. Louis, da bi začel opravljati svoje nove naloge. Ko se je tam zatekel, se je z dolgom kupil zemlje in pripravljal ekspedicijske revije za objavo. Predsednik James Madison, ki je nasledil Jeffersona, je zavrnil njegovo vračilo denarja, ki ga je zahteval za vrnitev delegacije Mandan in Osage v njihovo domovino, vojni minister William Eustis pa je opozoril, da bo Lewis iz teh sredstev. Avstrija 1809 je stiski Lewis Eustisu zapisal: "Nikoli nisem prejel niti denarja javnega denarja .... Obveščeni so me, da so bila proti meni vložena zastopanja - vse si želim, da bi bila popolna in pravična preiskava." Konec leta 1809 je Lewis zapustil St. Louis v Washington, DC, da bi razčistil svoje ime. Lewis je dvakrat na poti poskusil samomor. 35-letni raziskovalec je po prihodu v hišo na cesti v Tennesseeju 10. oktobra življenje končal s streljanjem z dvema pištolama.
James Neelly, indijski agent nacije Chickasaw, je takoj pisal Thomasu Jeffersonu: "Z izjemno bolečino vas moram obvestiti o smrti njegove ekscelencije Meriwether Lewis, guvernerja zgornje Louisiane, ki je umrl zjutraj 11. trenutka in mi je žal, da sem rekel Suicide .... [Imel sem ga tako dostojno pokopljenega, kolikor sem lahko, na tem mestu - če hočejo njegovi prijatelji storiti na njegovem grobu, se bom udeležil njihovih navodil. "
Po Lewisovi smrti se je uprava Madisona strinjala, da bo plačala preostanek spornih računov.
Kapitan William Clark
Čeprav Clark ni dobil kapetanove provizije, ki jo je priporočil Lewis, je Clark dobil dva imenovanja: brigadnega generala milice in nadrejenega za indijanske zadeve za Zgornje Luizijano. Leta 1813 je bil imenovan za guvernerja Missouri Territoryja, ki je bil na položaju do leta 1820. Po Lewisovi smrti so bili ekspedicijski časopisi poslani Clarku, ki jih je predal uredniku Nicholasu Biddleu. Revije iz dveh zvezkov so bile javnosti predstavljene leta 1814, deset let po tem, ko je korpus začel svojo epsko pot; njihova objava je povzročila malo vznemirjenja.
Clarkov biograf Landon Y. Jones ugotavlja: "30 let po odpravi se je William Clark uvrstil na mesto vodilnega zveznega uradnika na Zahodu, moškega za šest predsednikov, od Jeffersona do Van Burena, ki mu je zaupal zaščito ameriških interesov na ozemlju ostro oporekata tako Velika Britanija kot Španija. " Clark je utelešal nasprotja svojega časa; medtem ko je vlado pozval, naj indijance obravnava pošteno, so pogodbe, ki jih je sklenil, prisilile k preselitvi več deset tisoč. Clark je umrl v starosti 68 let, leta 1838 v St. Louisu, svojega prvorojenega sina, Meriwether Lewis Clark.
Sacagawea
Sedem let po ponovni združitvi s podjetjem Shoshone sta se Sacagawea in njen mož pojavila v Fort Manuelu, trgovskem mestu blizu današnjega Bismarka v Severni Dakoti, kjer je Toussaint našel delo tolmača s podjetjem Missouri Fur Company. Novinar Henry Brackenridge je zapisal, da je Sacagawea zbolela, "in hrepenela je, da bi ponovno obiskala svojo domovino". Nikoli ni dobila priložnosti. 20. decembra 1812 je John Luttig, glavni uradnik utrdbe, v svoj dnevnik zapisal, da je Sacagawea "umrla zaradi grozne vročine, da je bila dobra in najboljša ženska v utrdbi." Bila bi stara približno 25. Za seboj je pustila dva biološka otroka: sedemletnega Jeana Baptisteja in 4-mesečno Lisette.
Naslednje leto je Luttig, ki je morda zastopal Williama Clarka (za katerega je delal), zaprosil za siroče sodišče v St. Louisu zaradi skrbništva nad Jeanom Baptistejem in Lisette. (Do takrat je bil Toussaint domnevno mrtev, saj ga šest mesecev niso videli.) Luttigovo ime je bilo na koncu v črki prečrtano in nadomeščeno z imenom Clarka, ki je vsaj plačal za izobraževanje Baptiste. (Baptiste je pozneje potoval v Evropo, kjer je ostal šest let. Po vrnitvi v ZDA je delal kot lovilca z Jimom Bridgerjem in Kitom Carsonom.) Lisettejeva usoda in nečak Sacagawea neznana.
Žan Baptiste
V času odprave je William Clark zelo vzljubil otroka Sacagawea, postal njegov skrbnik in kasneje financiral šolanje v internatu v St. Louisu.
Znanih dejstev o Baptistejevem življenju je malo. Leta 1823 je vojvoda Paul Wilhelm Friedrich Herzog iz Wurttemberga v Nemčiji obiskal trgovsko postajo v današnjem Kansas Cityju, kjer je spoznal takratnega 18-letnika, ki je delal kot vodnik in tolmač. Dva sta potovala v Evropo, kjer je Baptiste ostal šest let. Rodil je otroka z Nemko, toda dojenček, deček, je po treh mesecih umrl, Baptiste pa se je vrnil v ZDA. Odpravil se je na zahod, na koncu pa je delal kot lovilca z Jimom Bridgerjem in Kitom Carsonom.
Baptiste se je naselil v Kaliforniji, kjer je bil alcalde ali sodnik v misiji San Luis Rey. Leta 1866 se je pridružil iskalcem zlata in se napotil na ozemlje Montana. Na poti je razvil pljučnico in kmalu zatem, v starosti 61 let, v Oregonu v bližini meje v Idahu umrl, saj je nadživel vse člane odprave razen Sgt. Patrick Gass.
York
Po končani ekspediciji je Clark leta 1807 odpotoval v St. Louis, da bi prevzel naloge glavnega indijskega agenta za Zgornje Luizijano in s seboj pripeljal York. Med obema mošema se je razvil razplet: York je želel ostati v Kentuckyju blizu svoje žene, ki je ni videl skoraj pet let. Prav tako je prosil Clarka za svojo svobodo - morda pomisli na dvojno plačo in 320 hektarjev, ki so jih drugi moški prejeli za svoje odprave. Te zahteve so Clarka prizadele kot domneve, ki prihajajo iz sužnja. Clark je na koncu dopustil, da se je York leta 1808 na kratek obisk vrnil v Kentucky. Toda Clark je svojemu bratu Jonathanu napisal: "Če se jork poskusi izteči, ali noče potrditi svoje dolžnosti suženj, ga želim poslati v New Orleans in prodati, ali pa ga najeti pri nekem resnem gospodarju, dokler ne misli bolje od takšnega ravnanja. "
V pismu (zdaj v zbirki Jonathan Clark Papers — Temple Bodley Collection pri Filson Historical Society v Louisvilleu) svojemu bratu, ki je bil objavljen nekaj mesecev pozneje, je Clark zapisal: "Želel sem mu dobro narediti, ampak ker je dobil takega pojem o svobodi in njegovih službah, da ne pričakujem, da mi bo spet veliko služil; z njim ne mislim, da so bile njegove storitve tako velike (ali bi me moje stanje lahko sprostilo). "
York se je vrnil v St. Louis v začetku leta 1809, vendar ga je Clark še vedno gledal neugodno. "Tu je, vendar mi ni v veliko pomoč, " je Clark zapisal Jonathanu. "[York je] nevoščljiv in Sulky. Prejšnji dan sem mu rekel, da je zelo popravil Sence."
Zadnja omemba Jorka v pismih Williama Clarka se pojavlja avgusta 1809; Clark je bil tako nezadovoljen z njim, da se je odločil, da ga bo najel ali prodal. John O'Fallon, Clarkov nečak, je leta 1811 zapisal: "Iztekel se je termin, za katerega je bil [York] včeraj najet g. Young, vendar verjamem, da bi bil upravičen zahtevati, da ga je gospod Fitzhugh znova najel pri gospodu Mitchellu, ki živi približno sedem milj od tod .... predvidevam, da je bil ravnodušno oblečen, če ga sploh Young ... "O'Fallon nadalje ugotavlja, da se je York-ova žena preselila s svojim gospodarjem, preostali del gospodinjstva pa v Mississippi; malo verjetno je, da sta se York in njegova žena spet videla. Deset let po koncu odprave je bil York še vedno zasužnjen in je delal kot vagon družine Clark.
Leta 1832 je pisatelj Washington Irving intervjuval Clarka in ga vprašal o Yorkovi usodi. Clark je odgovoril, da je končno osvobodil York in začudeno dejal, da njegov nekdanji suženj ni zadovoljen s svojo svobodo in se je poskušal vrniti k Clarku - ob poti je umrl zaradi kolere.
A je? Leta 1832 je trgovec s krznom Zenas Leonard, ki je obiskal vasico Crow v severnem osrednjem Wyomingu, »našel črnca, ki nam je sporočil, da je v to državo prvič prišel z Lewisom in Clarkom - s katerimi se je prav tako vrnil v zvezno državo Missouri, in čez nekaj let se je spet vrnil z gospodom Mackinneyjem, trgovcem na reki Missouri, in je ostal od nekdaj - torej približno deset ali dvanajst let. "
17. januarja 2001 je predsednik Clinton posmrtno napredoval York v čin častnega narednika, redne vojske.
